1 октября 2003 года Министерство путей сообщения было преобразовано в крупнейший транспортный холдинг. 100% акций компании принадлежит Правительству Российской Федерации. ОАО «РЖД» в полном объеме обеспечивает потребности страны в перевозках пассажиров и грузов, проводит модернизацию железнодорожной отрасли.
Северная железная дорога осуществляет свою деятельность в качестве филиала ОАО «РЖД». Сегодня в структуру магистрали входит пять регионов – Ярославский, Вологодский, Архангельский, Сольвычегодский, и Сосногорский. Более 3000 грузоотправителей пользуются услугами СЖД. По магистрали перевозятся нефть, каменный уголь, черные металлы, лес, строительные материалы, удобрения, бумага.
За 2003-2015 гг. компанией «РЖД» вложено более 150 млрд. рублей в развитие Северной железной дороги. Построены обход Даниловского железнодорожного узла, вторые пути на участке Буй – Вологда, реконструированы объекты на крупнейшей сортировочной станции Лоста, Пункт технического обслуживания локомотивов на станции Обозерская, проведено развитие Череповецкого железнодорожного узла, реализованы другие проекты. Пропускные и провозные способности железнодорожной инфраструктуры на полигоне магистрали существенно возросли. Протяженность бесстыкового, "бархатного" пути к 2015 году увеличилась с 27,9% до 67,3% от развернутой длины магистрали. Средний вес поезда увеличен на 13,3%, участковая скорость – на 7,5%.